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SINGLE-CELL RNA SEQUENCING

Mastered techniques and know-how

5 Years of Experience

Data delivery in 6 weeks 

Découvrir

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Les technologies de séquençage d’ARN unicellulaire (scRNA-seq) permettent une analyse approfondie de l’expression des gènes à une résolution unicellulaire, ce qui révolutionne grandement les études transcriptomiques. Par rapport à la technologie traditionnelle de séquençage en masse, les technologies unicellulaires présentent les avantages de détecter l’hétérogénéité entre les cellules individuelles, de distinguer un petit nombre de cellules et de délimiter des cartes cellulaires. De nos jours, la technologie de séquençage unicellulaire est de plus en plus utilisée dans divers domaines.

Nos technologies transcriptomiques unicellulaires disponibles :

Most Cited Technology

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Single-Cell Gene Expression

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Single-Cell Immune Profiling

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Fixed RNA profiling

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La technologie scRNA-seq vous permet d'analyser les transcriptomes, cellule par cellule en utilisant le partitionnement microfluidique pour capturer des cellules individuelles et préparer des bibliothèques d'ADNc de séquençage de nouvelle génération (NGS) à codes-barres.

Single-cell RNA sequencing workflow (10x Genomics) :

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GENXMAP vous propose trois des solutions suivants;

1-Expression génique unicellulaire

2-Profilage immunitaire unicellulaire

3-Profilage d'ARN fixe

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Télécharger notre flyer >

Single Cell Gene Expression**

L'expression génique unicellulaire permet aux utilisateurs d'exprimer le gène 3' du transcriptome unicellulaire dans des dizaines de milliers de cellules. Augmentez ou réduisez les expériences avec des solutions à faible et à haut débit.

 

Caractéristiques de notre service d'expression de gènes unicellulaires :

  • Obtenez des données d’expression génique 3’ à partir d’échantillons frais ou cryoconservés

  • Utiliser la suppression des cellules mortes pour améliorer la qualité des données

  • Cibler 500 à 10 000 cellules

  • Compatible avec plusieurs espèces

  • Compatible avec des cellules individuelles ou des noyaux

Profilage immunitaire unicellulaire

Le profilage immunitaire d'une cellule unique permet l'analyse de séquences complètes appariées de récepteurs de cellules B ou de récepteurs de cellules T (BCR/TCR) et de l'expression du gène 5', le tout à partir d'une seule cellule.

 

Caractéristiques de notre service de profilage immunitaire unicellulaire :

  • Obtenez des données d’expression génique 5’ à partir d’échantillons frais ou cryoconservés

  • Obtenir le répertoire immunitaire

  • Utiliser la suppression des cellules mortes pour améliorer la qualité des données

  • Cibler 500 à 10 000 cellules

  • Compatible avec les échantillons humains et souris

Profilage d'ARN fixe

Le profilage d'ARN fixe permet l'expression de gènes unicellulaires sur des échantillons précieux qui étaient auparavant inaccessibles en raison des défis logistiques liés à la manipulation des échantillons. La fixation au point de prélèvement des échantillons préserve la biologie fragile, réduit l’effet de lot et rationalise considérablement les flux de travail pour fournir des informations critiques sur davantage d’échantillons.

 

Caractéristiques de notre service de profilage immunitaire unicellulaire :

  • Obtenir des données sur l'expression génique à partir d'échantillons fixés au formaldéhyde

  • Mesurez l’expression des gènes en utilisant des paires de sondes conçues pour s’hybrider spécifiquement à l’ARNm

  • Cibler 500 à 10 000 cellules

  • Uniquement compatible avec les échantillons humains, idéal pour les échantillons pathologiques

* Nos services proposent de multiplexer les échantillons, Veuillez nous contacter pour discuter de cette option.

* GENXMAP vous propose une solution unique de bout en bout par service sur site.

 Nous pouvons venir dans votre laboratoire pour effectuer les premières étapes critiques de la préparation de vos échantillons, y compris la génération de GEM et l'amplification de l'ADNc afin de garantir une qualité optimale des résultats.

On-site service

A unique solution

Vous n'avez pas l'instrument et les équipements nécessaires ?

Vous avez une étude pilote et vous ne savez pas encore si vous souhaitez investir dans la technologie ?

Vous n'avez pas de personne qualifiée disponible pour préparer vos échantillons ?

Vos échantillons sont précieux, sensibles et ne peuvent pas être congelés ?

Aucun problème! Nous avons une solution

Notre expert se déplace dans votre laboratoire, avec les instruments et les équipements. Nous vous aidons dans la préparation de la suspension cellulaire et nous effectuons la première étape de suspension cellulaire unique pour garantir une préparation optimale des échantillons. Les étapes d’amplification RT-PCR sont également réalisées sur place. Une fois l’ADNc obtenu en tant que matériau stable et facilement transportable, nous le transportons nous-mêmes vers GENXMAP pour poursuivre les étapes suivantes de préparation de la bibliothèque.

Comment ça marche ?

La préparation des échantillons:

L’étape la plus critique de la sequançage ARN cellule unique est la préparation de la suspension d’une seule cellule de votre échantillon. Si vous n'utilisez pas notre service sur site, vous pouvez soit cryoconserver ou fixer les cellules au méthanol et envoyer vos échantillons à notre laboratoire sur carboglace, ou si vous êtes basé à proximité de notre laboratoire (Marseille), il peut être possible de utiliser une suspension unicellulaire fraîche. Veuillez nous contacter pour discuter de cette option.

Traitement des échantillons, génération et amplification GEM :

Une fois que nous avons reçu votre échantillon, nous vérifions la qualité et comptons les cellules pour garantir une suspension cellulaire de haute qualité. Si nécessaire, nous supprimons les cellules mortes. Ensuite, nous chargeons la suspension cellulaire sur la puce conformément aux spécifications 10x Genomics, ainsi que des billes et des réactifs à code-barres. La puce est placée dans la machine pour créer une émulsion GEM et effectuer une transcription inverse et un code-barres. Une fois le run 10x terminé, nous effectuons une étape d’amplification pour obtenir l’ADNc.

Préparation et séquençage des bibliothèques ::

Nous terminons la préparation de la bibliothèque NGS, nous effectuons le contrôle qualité sur votre bibliothèque et la dernière étape consiste à séquencer vos échantillons en fonction de la spécificité de votre projet par Nova Seq6000.

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Parse Bioscience est une technologie permettant d'effectuer des expériences à toutes les échelles sans les limites des approches microfluidiques actuelles. Le codage à barres combinatoire se produit au sein des cellules elles-mêmes, ce qui se traduit par une spécificité et une évolutivité extraordinaires. Le codage à barres combinatoire à pool divisé vous permet de profiler les transcriptomes unicellulaires en attribuant un code à barres spécifique à chaque puits dans lequel les cellules sont chargées (méthode de capture d’extrémité à 3 primes). Nous pouvons tirer parti de la cellule elle-même en tant que compartiment propre pour effectuer plusieurs cycles de fractionnement, de regroupement et de ligature des transcriptions afin de générer différentes combinaisons de codes-barres uniques à l'ensemble de transcriptions de chaque cellule.

Caractéristiques de notre service d'analyse de cellules uniques :

  • Corrigez maintenant, exécutez plus tard : la fixation peut réduire les perturbations de l'expression des gènes endogènes lors de la manipulation cellulaire et vous pouvez stocker les cellules pour des expériences futures

  • Compatible avec les cellules ou les noyaux : l'utilisation de noyaux évite la nécessité d'obtenir des cellules individuelles intactes

  • Ciblez 10 000 à 1 000 000 de cellules

  • Multiplexez 12 à 96 échantillons

  • Compatible avec toutes les espèces

  • Pas de possibilité sur place

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Singleron a développé une puce SCOPE-chip™ microfluidique haute densité unique pour un traitement à haut débit. Le SCOPE-chip™ contient 250 000 micropuits, qui peuvent capturer jusqu'à 30 000 cellules sur une seule puce.

Caractéristiques de notre service Singlecell Singleron :

  • 500 à 30 000 cellules individuelles/analyse (deux configurations différentes, puces standard et haute densité)

  • Kit de multiplexage d'échantillons : regroupement de jusqu'à 16 échantillons dans la même bibliothèque de séquençage de cellules uniques

  • Lecture cellulaire multiomique supplémentaire : ARN 3' (GEXSCOPE® -Single Cell RNA), TCR/BCR (GEXSCOPE®Single Cell Immune Receptor), mutation ciblée (FocuSCOPE®Single Cell MultiOmics), dynamique de transcription (DynaSCOPE®Single Cell MultiOmics)

  • Compatible avec les cellules ou les noyaux : l'utilisation de noyaux évite la nécessité d'obtenir des cellules individuelles intactes

  • Solutions pour le stockage, le transport et le traitement des échantillons cliniques (les cellules peuvent rester en vie pendant 72 heures après le prélèvement de tissus)

  • Compatible avec plusieurs espèces

  • Pas de possibilité sur place

Chronologie de l'expérimentation

 

Étape 1 > Préparation des échantillons et construction de la bibliothèque > 2 semaines

Étape 2 > Contrôle qualité librairie et séquençage > 4 semaines

Livrable > Données FASTQ

Analyse bioinformatique > Nous proposons des solutions d'analyse bioinformatique, contactez-nous pour plus d'informations.

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