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TRANSCRIPTOMICS SERVICES

 

SERVICES TRANSCRIPTOMIQUES

 

Test d'expression génique

L'ARN est un élément clé dans la régulation de la fonction cellulaire. Le transcriptome d'une cellule est constitué d'ARNm, d'ARNr, d'ARNt, d'ARNnc et de miARN. Purification de différents types d'ARN et analyse du niveau d'expression des gènes dans différentes circonstances (après une infection, un cancer, desc traitement, etc.) permettent de savoir précisément comment une cellule réagit à un stimulus ou à son micro-environnement à un instant précis. A partir de tous types d'échantillons, l'équipe GENXMAP purifie l'ARN total, l'ARNm ou le miARN, quantifie et qualifie avec des équipements de dernière génération et procède à des tests d'expression génique qui sont optimisé pour tout flux de travail de profilage de l'expression génique à partir de la qPCR classique, des tests d'expression génique Taqman ou de la préparation de librairies adaptés aux séquences de nouvelle génération.

 

Analyse de biomarqueurs qui sont des caractéristiques biologiques spécifiques qui peuvent être découvertes et analysées dans des cellules, du sang, du sérum ou des tissus présentant un état normal ou pathologique de l'organisme suite à une réponse pharmacologique lors d'une intervention thérapeutique, d'une situation pathologique ou de toute modification des conditions homéostatiques. Les biomarqueurs peuvent être des cellules, des molécules, des gènes, des produits géniques, des enzymes ou des hormones spécifiques. L'identification des biomarqueurs se fait via différentes stratégies telles que la protéomique, la métabolomique, la génomique, la transcriptomique et l'épigénomique. 

Nous proposons des analyses de biomarqueurs au niveau génomique et transcriptomique. Au niveau génomique, des techniques comme SNP, CNV, le séquençage Exome ou du génome entier ont permis de découvrir, d'analyser ou de valider un biomarqueur génomique.  Au niveau transcriptomique, le niveau d'expression génique pourrait être mesuré par des tests Taqman, l'analyse de microARN et d'autres techniques de RT-qPCR. La découverte et la validation de nouveaux biomarqueurs pourraient être réalisées par de nouvelles technologies de pointe au niveau de la cellule unique (séquençage d'ARN cellule unique) ou au niveau cellulaire à haute résolution dans les tissus (transcriptomique spatiale) ainsi que des techniques de séquençage d'ARN en masse.

  • Niveau génomique 

  1. Service de panels de gènes personnalisés pour la détection de biomarqueurs par PCR et tests basés sur la qPCR (génotypage) 

  2. Service de préparation et de séquençage de la librairie Whole Exome (WES)

  3. Service de préparation et de séquençage de la librairie du génome entier (WGS) 

  • Niveau transcriptomique 

  1. Service de transcriptome pour le profilage de l'expression génique à l'aide de techniques RT-qPCR. 

  2. Profilage du transcriptome entier à l'aide des services de préparation et de séquençage de la librairie d'ARN total.

  3. Profilage d'ARN cellule unique (les technologies ScRNA-Seq)

  4. Transcriptomique spatiale 

  • Niveau d'analyse 

  1. Biostatistique 

  2. Bioinformatique 

 

Notre processus:

  1. Control Qualité des échantillons à la réception

  2. Purification automatisée des acides nucléiques

  3. Quantification et qualification des acides nucléiques

  4. SNP, CNV /séquençage Sanger/tests d'expression génique utilisant Essais Taqman ou SYBR Green/préparation de bibliothèque et séquençage de nouvelle génération.

  5. Analyse de données/analyse bioinformatique/analyse biostatistique

  6. Rapports

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