GENXMAP offers leading bioinformatics services designed to transform your complex biological data into clear, actionable insights. Our expert team, with vast experience, uses cutting-edge tools and technologies to ensure precise analyses tailored to your specific needs. We cover a wide range of services, including genome sequencing assembly and annotation, evolutionary analysis, comparative genomics, and mutation detection.
We understand that every project is unique, which is why we are committed to providing personalized support throughout your research. By choosing GENXMAP, you gain solid expertise and a rigorous approach, ensuring reliable results that can guide your scientific decisions. Trust our know-how to turn your data into innovation opportunities and drive your projects forward with confidence.
Turning Complex Data into Actionable Insights
Unlocking Actionable Insights
Our data analysis services convert complex biological data into actionable insights, providing accurate and relevant interpretations to support your research across various fields, including genomics and transcriptomics.
Genome Annotation
We provide detailed genome annotation services, identifying and annotating elements such as introns, exons, regulatory sequences, and methylation profiles. This precise mapping is essential for in-depth analyses and further research.
Evolutionary Biology Analysis
Specialized in evolutionary biology, we analyze genetic relationships between species, including gene duplications, horizontal gene transfers, and genomic comparisons. These analyses are crucial for understanding evolutionary patterns and refining taxonomic classifications.
Comparative Genomics
Our comparative genomics services allow for the comparison of gene sequences across different organisms. We analyze mutations, duplications, transfers, and inversions to provide a deep understanding of evolutionary complexities and support your R&D projects.
Sequence Assembly
GENXMAP and its partners offer advanced sequencing assembly services, transforming your raw data into complete and assembled genomes. With expertise in both known and unknown genomes, we use cutting-edge tools to handle the most complex assemblies, ensuring optimal accuracy and reliable results.
Mutation Analysis
We identify significant mutations by comparing the genomes of affected cells with those of normal cells. This service is essential for cancer research and the development of targeted therapies.
Gene Expression Analysis
We provide detailed transcriptome analysis to quantify gene expression changes between different conditions, offering valuable insights into cellular activity.
Single-Cell Data Analysis Service
Our single-cell RNA sequencing (scRNAseq) services uncover gene expression variations at the cellular level, enabling the identification of new subpopulations and the study of cellular trajectories. We utilize advanced techniques such as tSNE and UMAP for precise analyses.
GENXMAP, your trusted partner to support you in your research.
Optimized and Transparent Services
Our Go/No-Go processes allow you to track the progress of your project in real-time. At each stage, you validate the transition to the next, ensuring complete control and maximum transparency throughout the entire process.
Our optimized timelines ensure fast and efficient execution of each project while meeting your specific requirements. This system ensures proactive time management, minimizing delays and maximizing productivity to deliver results that align with your expectations.
Our tailored processes are designed to meet the unique needs of each project, offering flexibility and personalized follow-up. This system ensures rigorous control while delivering accurate results that align with your expectations.
Our detailed analyses guarantee reliable and in-depth results tailored to each study. With cutting-edge tools and proven methodologies, we provide a precise understanding of genetic data, while adhering to the highest standards of quality and scientific rigor.
Détails du Service
Consultation initiale
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Identification des objectifs de recherche : Vous expliquerez vos objectifs scientifiques, pour comprendre les objectifs de votre étude, qu'il s'agisse d'analyser la diversité microbiologique, d'identifier des pathogènes ou de caractériser des communautés microbiennes dans un échantillon spécifique.
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Identification des types d'échantillons : Vous nous précisez les types d’échantillons que vous souhaitez analyser (selles, sol, eau, tissus, etc.), ce qui nous permet d'adapter le processus de préparation et de séquençage.
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Sélection de la méthodologie : En fonction de vos objectifs, nous vous conseillons sur la méthode la plus appropriée pour l’analyse métagénomique, telle que le séquençage de gènes spécifiques (par exemple 16S ou 18S rRNA) ou l’approche métagénomique complète (Shotgun).
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Choix de la plateforme de séquençage : Nous discutons des options disponibles en fonction de la complexité de l'échantillon et du niveau de résolution requis (Illumina, MiSeq, Oxford nanopore technology).
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Planification du projet et personnalisation :
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Ciblage spécifique ou séquençage global : Si nécessaire, nous élaborons un panel spécifique pour cibler des gènes ou groupes d'intérêt particuliers, ou optons pour une approche globale pour analyser la diversité génétique dans son ensemble.
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Stratégie d’enrichissement et préparation d’échantillons : Nous définissons les étapes de préparation, incluant la pré-extraction, la purification de l’ADN, et l’enrichissement des régions d’intérêt. Cela est particulièrement important si des populations microbiennes rares ou difficiles à capturer sont présentes.
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Estimation du budget et du calendrier
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Validation du budget : Nous vous fournissons une estimation claire du coût du projet en fonction de la méthodologie choisie, du nombre d’échantillons, de la couverture nécessaire et des analyses bioinformatiques supplémentaires.
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Planification temporelle : Une estimation du délai pour la préparation des échantillons, le séquençage, et l’analyse bioinformatique est partagée, avec des points de contrôle réguliers pour suivre l’avancement.
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Suivi et soutien continu
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Accompagnement dans le suivi : Une fois le projet lancé, nous vous accompagnons tout au long du processus, de la récolte des données brutes au soutien bioinformatique pour interpréter les résultats, avec des rapports personnalisés et des recommandations pour les prochaines étapes.
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Technologies disponibles
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Séquençage haut débit (Next-Generation Sequencing - NGS)
GENXMAP utilise les plateformes suivantes :
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NovaSeq (Illumina)
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Avantages :
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Séquençage rapide et précis de grandes quantités d'ADN provenant de diverses sources environnementales ou biologiques.
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Offre une couverture et une profondeur élevées pour une détection précise des micro-organismes présents.
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MiSeq (Illumina)
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Avantages:
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Haute précision : La technologie de séquençage par synthèse d’Illumina est réputée pour son faible taux d’erreurs, ce qui est idéal pour des analyses nécessitant une grande précision, comme les études de variations génétiques.
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Rapid Turnaround: Quick run times enable timely results for urgent projects.
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Oxford Nanopore technology
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Avantages:
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Longues lectures : ONT permet de générer des lectures très longues (jusqu’à plusieurs centaines de kb), ce qui est précieux pour l’étude des régions complexes du génome, des génomes entiers et des transcrits complets sans fragmentation.
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Real-Time Data: Immediate analysis as sequencing occurs, providing instant insights.
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Process
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Étape 0 : Contrôle de réception des échantillons.
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Evalution visuelle en quantité, qualité
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Rapport et décision client "Go / No-Go" pour la suite du processus
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Étape 1 : Préparation des Échantillons :
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Extraction de l’ADN/ARN : Des protocoles optimisés pour assurer une extraction de haute qualité, même à partir de types d’échantillons difficiles (tissus FFPE, cellules rares, etc.).
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Quantification et évaluation de la qualité : Vérification de la quantité et de la qualité de l’ADN/ARN extrait à l’aide de spectrophotomètres (Nanodrop), Qubit ou fragment analyzer (Qiaxcel).
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Enrichissement ciblé : Si nécessaire, nous appliquons des techniques d’enrichissement pour cibler certaines régions d’intérêt (par exemple, gènes de résistance, gènes 16S rRNA, etc.) avant de passer au séquençage. L’enrichissement permet de concentrer l’analyse sur des zones spécifiques du génome.
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Préparation de la librairie : Une fois l’ADN extrait et éventuellement enrichi, il est fragmenté, puis les adaptateurs nécessaires pour le séquençage sont ajoutés. Ce processus crée une librairie de séquençage prête à être analysée sur la plateforme choisie.
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Étape 2 : Lancement du séquençage : Selon la technologie choisie (Illumina, Oxford Nanopore), nous procédons au séquençage sur la plateforme adaptée.
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Étape 3 : Contrôle qualité en temps réel : Surveillance du processus de séquençage pour garantir l'absence d’erreurs techniques et garantir la qualité des données générées.
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Étape 5 : Analyse des Données :
- Nous proposons différents niveaux d'analyse: primaire, secondaire ou tertiaire en fonction de vos besoins. Nous proposons avec nos partenaire divers types d'analyses telles que:
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Identification taxonomique : Nous utilisons des bases de données comme QIIME, MetaPhlAn, ou Kraken pour identifier les espèces présentes dans l’échantillon et dresser un profil taxonomique détaillé.
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Analyse fonctionnelle : En plus de l'identification taxonomique, nous effectuons une analyse fonctionnelle pour déterminer les gènes et les voies métaboliques présentes dans l'échantillon, notamment les gènes de résistance, les enzymes ou d'autres éléments d'intérêt.
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Assemblage des séquences : Les séquences obtenues sont assemblées et analysées à l’aide de logiciels spécialisés pour reconstruire les génomes des micro-organismes présents dans l’échantillon. Cette étape permet de traiter et de structurer les données brutes.
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- Nous proposons différents niveaux d'analyse: primaire, secondaire ou tertiaire en fonction de vos besoins. Nous proposons avec nos partenaire divers types d'analyses telles que:
Pour en savoir plus, n'hésitez pas à aller vers notre page "Analyses bioinformatique & biostatistique"
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Étape 6 : Validation et Interprétation :
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Interprétation des données : Nos experts bioinformaticiens et nos partenaires analysent les résultats pour vous fournir une interprétation approfondie. Cette analyse permet de mettre en évidence des relations complexes entre les micro-organismes et d'identifier des biomarqueurs ou des cibles thérapeutiques potentielles.
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Rapports détaillés : Un rapport complet et détaillé est généré, incluant des visualisations des résultats (graphes, arbres phylogénétiques, heatmap, etc.), des conclusions sur la diversité microbienne, ainsi que des recommandations pour les étapes suivantes, en fonction des objectifs du projet.
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Étape 7 : Livraison des Résultats :
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Formats de Résultats : Fourniture de fichiers bruts (FASTQ), assemblages, résultats taxonomiques, analyses fonctionnelles et métadonnées.
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Rapport Détaillé : Comprend un résumé des résultats, des visualisations (graphiques, arbres phylogénétiques), une interprétation biologique et des recommandations pour les étapes suivantes.
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Modes de Livraison : Accès via une plateforme en ligne sécurisée, envoi par email ou réunion de présentation des résultats.
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Suivi et Support : Assistance post-livraison pour clarifications, révisions ou analyses complémentaires.
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Délais de Livraison : Généralement entre 3 à 6 semaines, en fonction de la complexité du projet.
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Options
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Séquençage 16S rRNA
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Séquençage 18S rRNA
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Séquençage Shotgun
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Enrichissement des Échantillons
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Avant le séquençage, certaines régions spécifiques du génome peuvent être enrichies (par exemple, les gènes de résistance ou des régions d’intérêt fonctionnel) pour améliorer la couverture de ces régions.
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