Secteurs · Thérapie Cellulaire & Génique
Thérapie Cellulaire & Génique
Caractérisation multi-omique des cellules modifiées : identité, puissance, hétérogénéité et intégrité génomique.
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Caractérisation multi-omique des cellules modifiées : identité, puissance, hétérogénéité et intégrité génomique.
Une cellule modifiée doit être caractérisée à plus d’un niveau moléculaire. GenXMap combine profilage génomique, transcriptomique et protéomique avec séquençage ciblé et approches single-cell, pour déterminer ce qu’est un produit modifié, comment il se comporte, et avec quelle constance ce profil se maintient au fil du développement et de la fabrication.
Un programme conçu plutôt qu’une commande d’analyse : quelles couches moléculaires répondent à la question de développement, quelle référence le construct exige, et quelles comparaisons séparent la variation biologique de la variation de procédé. Ces points se tranchent avant le prélèvement, pas après.
WGS, WES et séquençage ciblé, à des niveaux de résolution complémentaires, de la caractérisation génomique large à la validation ciblée de variants ou de régions modifiées sélectionnés.
La référence analytique est construite pour le construct : séquences vectorielles, éléments du squelette, promoteurs et régions éditées. Une référence humaine standard ne sait pas placer les lectures qui appartiennent au construct, c’est pourquoi la référence vient en premier.
Identification des sites d’intégration du vecteur et caractérisation de leur distribution dans la population.
RNA-seq bulk pour l’expression du construct et pour les programmes de la cellule hôte que la modification altère. Quand la question est de savoir quelles cellules portent le changement, et non si la population le porte, l’analyse single-cell y répond.
Profilage par spectrométrie de masse, workflows TIMS-TOF compris, pour l’état protéique du produit modifié.
Le même cadre analytique appliqué aux lots, aux passages et aux conditions de procédé : c’est ce qui sépare la variation biologique attendue d’une sous-population émergente ou d’une dérive liée au procédé.
L’ADN donne le contexte génomique, l’ARN l’état transcriptionnel, les protéines le phénotype en aval, et les données single-cell l’origine cellulaire de chaque signal. Elles sont intégrées autour de la question de développement plutôt que rapportées comme des analyses séparées.
Design de l’étude, informations d’échantillon, méthodes, versions des outils, paramètres, métriques QC et résultats statistiques. Chaque décision analytique est documentée et traçable, pour être relue, contestée et reproduite par une équipe indépendante.
Modification, expansion, passage, développement du procédé, produit final. Ne mesurer que le produit final masque les changements de composition de population, d’expression et de profil génomique survenus en chemin, et ce sont généralement ces changements qui décident d’une question de comparabilité.
GenXMap conçoit la stratégie analytique autour du jalon, qu’il s’agisse du développement du procédé, de l’évaluation de la puissance, de la comparabilité ou du transfert de technologie, en définissant les échantillons, les couches, les comparaisons et les étapes de validation avant le début de l’étude.
Le travail de laboratoire peut être réalisé sur OMICS4, le site plateformes de GenXMap, ou l’analyse peut partir de données produites ailleurs. Des données existantes de WGS, WES, séquençage ciblé, RNA-seq, protéomique ou single-cell peuvent être analysées seules ou intégrées dans le même cadre.
Les données produites ailleurs arrivent souvent sans les métadonnées dont l’analyse a besoin. Nous vous disons ce qu’on peut en conclure avant que le travail commence, pas après.
Ce qui détermine l’analyse, c’est la question biologique, le design de l’étude et les métadonnées disponibles.
Réserver les plateaux sur OMICS4Les études de cas pour ce secteur sont en préparation : contactez-nous pour discuter d'un projet directement.
Dites-nous le produit, le stade et le jalon.