Secteurs · Thérapie Cellulaire & Génique
Thérapie Cellulaire & Génique
Caractérisation multi-omique des cellules modifiées : identité, puissance, hétérogénéité et intégrité génomique.
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Caractérisation multi-omique des cellules modifiées : identité, puissance, hétérogénéité et intégrité génomique.
Une cellule modifiée doit être caractérisée à plus d’un niveau moléculaire. GenXMap combine profilage génomique, transcriptomique et protéomique avec séquençage ciblé, approches single-cell et spatiales, pour déterminer ce qu’est un produit modifié, comment il se comporte, et avec quelle constance ce profil se maintient au fil du développement et de la fabrication.
Un programme conçu plutôt qu’une commande d’analyse : GenXMap définit les couches moléculaires nécessaires à votre question de développement, analyse le produit modifié, et intègre les résultats dans un cadre de caractérisation unique.
Le travail commence avant la paillasse : quelles couches moléculaires répondent à la question de développement, quelle référence utiliser pour le construct, comment intégrer les mesures génomiques et transcriptomiques, et quelles comparaisons sont nécessaires pour distinguer la variation biologique des changements liés au procédé.
GenXMap peut analyser la trajectoire moléculaire d’un produit cellulaire modifié tout au long du développement :
Modification → expansion → passage → développement du procédé → produit final
Comparer ces stades révèle les changements de composition de population, d’expression génique, de profil génomique et de phénotype moléculaire.
WGS, WES et séquençage ciblé offrent des niveaux de résolution génomique complémentaires, de la caractérisation large à la validation ciblée d’éditions et de régions spécifiques.
La référence analytique est adaptée au construct : séquences vectorielles pertinentes, éléments de backbone et régions ingéniées sont pris en compte plutôt qu’ignorés.
Le RNA-seq bulk saisit l’état transcriptionnel de la population modifiée, expression du construct comprise, et les programmes de la cellule hôte associés à son état.
La protéomique par spectrométrie de masse ajoute une vue au niveau protéique de l’état de la cellule modifiée. Le TIMS-TOF MS y contribue.
Les approches single-cell et spatiales apportent une résolution complémentaire là où les mesures bulk ne peuvent pas distinguer les sous-populations ni leur localisation.
Lorsque le programme s’y prête, cfDNA et cfRNA étendent le suivi moléculaire au-delà du produit cellulaire lui-même.
Une signature moléculaire n’est utile que si elle peut être comparée de manière constante.
GenXMap applique le même cadre analytique d’un lot, d’un passage ou d’une condition de procédé à l’autre, pour distinguer :
L’objectif n’est pas de décrire chaque lot indépendamment, mais de déterminer quelles caractéristiques moléculaires restent constantes et lesquelles changent au cours du développement ou de la fabrication.
Chaque couche moléculaire répond à une question différente.
GenXMap intègre ces couches autour de la question biologique, plutôt que de traiter chaque jeu de données comme un rapport séparé.
Les programmes de thérapie cellulaire et génique progressent par stades définis : modification, développement du procédé, comparabilité des lots, caractérisation du produit final.
GenXMap conçoit la stratégie analytique autour du jalon visé, en définissant les échantillons requis, les couches moléculaires à mobiliser et les comparaisons nécessaires.
Un relevé complet de l’analyse : design de l’étude, informations d’échantillon, méthodes, versions des outils, paramètres, seuils et exclusions.
Les résultats sont rapportés au niveau moléculaire pertinent, des variants et sites d’intégration jusqu’à l’expression génique et aux signaux protéiques.
Chaque décision analytique est documentée et traçable.
Conçu pour être relu, contesté et reproduit par une équipe scientifique indépendante.
Le travail de laboratoire peut être réalisé via OMICS4, la plateforme wet-lab de GenXMap, ou l’analyse peut partir de données que vous possédez déjà.
GenXMap peut analyser des données existantes de WGS, WES, séquençage ciblé, RNA-seq, protéomique, single-cell, spatial ou biopsie liquide, produites lors d’une étude antérieure ou par un autre prestataire.
Ce qui détermine l’analyse, c’est la question biologique, le design de l’étude et les métadonnées disponibles — pas qui a produit les données.
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