Notre écosystème · Wet lab, analyse, R&D
GenXMap couvre une chaîne continue : le travail d’instrument à la paillasse, puis l’intégration, la découverte de biomarqueurs et la modélisation par notre équipe computationnelle. La partie paillasse tourne dans nos laboratoires marseillais et via un réseau de partenaires qualifiés, et elle se commande sur OMICS4, notre site de production et de réservation. Vous pouvez vous arrêter à la livraison des données, ou aller jusqu’à la biologie.
Vous envoyez les échantillons, nous réalisons le travail de laboratoire et restituons des données primaires contrôlées. Commande sur OMICS4, plateau par plateau.
Paillasse et analyse Ajouter l’analyseLe même travail de laboratoire, suivi de l’intégration multi-omics, de la découverte de biomarqueurs et de la modélisation par notre équipe computationnelle.
Programme de recherche Lancer un projet R&DUne question scientifique, un chef de projet docteur, et les plateaux choisis autour de la question plutôt que l’inverse.
GenXMap réunit les plateaux wet lab d’OMICS4, la multi-omique et la biologie computationnelle en un seul flux scientifique : de la préparation d’échantillon et du contrôle qualité au séquençage, aux dosages quantitatifs et à la protéomique, jusqu’à l’interprétation intégrée. Utilisez un seul plateau, combinez-en plusieurs, ou demandez à GenXMap de concevoir et conduire l’étude complète.
Vous fournissez les échantillons. Nous conduisons le travail de laboratoire et livrons des données primaires contrôlées : résultats de QC, fichiers de séquençage ou mesures brutes, données primaires traitées et documentation propre au plateau. C’est un livrable fini, que vous pouvez confier à votre propre équipe de bio-informatique.
Nous conduisons le travail de laboratoire et poursuivons en bio-informatique, analyse statistique et interprétation biologique, rapportées face à votre question et non à l’instrument.
Nous partons de la question biologique, définissons le design de l’étude, sélectionnons plateaux et modèles, coordonnons le travail de laboratoire y compris les étapes partenaires, et livrons une interprétation intégrée. Un seul responsable de projet tient la chaîne documentée de l’échantillon au rapport.
Extraction ADN, ARN et protéines ; normalisation ; évaluation de la concentration, de la pureté, de la taille des fragments et de l’intégrité. Un échantillon est qualifié pour le dosage qui suit avant qu’on y dépense du séquençage ou du profilage. Entrées acceptées : tissu frais congelé et FFPE, sang et plasma, cellules en culture, modèles tissulaires et échantillons microbiens.
Séquençage du génome entier, de l’exome et ciblé ; génotypage ; analyse des variants somatiques et germinaux, du nombre de copies et des signatures mutationnelles.
RNA-seq pour l’expression différentielle, l’analyse de voies et les signatures d’expression entre conditions.
qPCR, RT-qPCR et dPCR pour la détection de cibles, la mesure d’expression et le génotypage ; panels protéiques ciblés Olink par extension de proximité. Utilisés seuls ou pour valider des résultats de séquençage et de protéomique.
Profilage par spectrométrie de masse sur TIMS-TOF MS : abondance protéique différentielle, signatures protéiques et réponses au niveau des voies, complémentaires de la transcriptomique.
Profilage 16S pour la composition, la diversité et l’abondance différentielle des communautés ; métagénomique shotgun pour la caractérisation taxonomique et fonctionnelle, la résolution à la souche lorsque la profondeur le permet, et les gènes de résistance aux antimicrobiens. Intégrable aux profils moléculaires de l’hôte.
Isolement, caractérisation et analyse du contenu moléculaire, reliant les changements transcriptomiques ou protéomiques intracellulaires aux signaux que les cellules émettent.
Toutes les technologies n’ont pas à être maintenues en interne. Pour certaines étapes, GenXMap travaille avec des partenaires spécialisés, sous son propre design d’étude, sa coordination de projet et son cadre documentaire. Le client a un seul responsable de projet, pas une liste de prestataires.
Transcriptomique single-cell avec Parean Biotechnologies ; transcriptomique spatiale avec Explicyte, CRO en immuno-oncologie.
Lorsqu’un programme a besoin d’un système biologique plutôt que d’un échantillon, les omiques de GenXMap sont réalisées sur des modèles de CRO partenaires : modèles tissulaires humains 3D et systèmes de criblage en oncologie de CTI Biotech (Lyon) ; modèles de peau 3D, coupes pulmonaires de précision et tests de perméation de PKDERM (Sophia Antipolis) ; modèles de tissu adipeux humain de DIVA Expertise. Le modèle, le design d’exposition et la lecture moléculaire sont planifiés comme une seule étude.
Protéomique, métabolomique et analyse de délivrance de molécules, complémentaires du plateau GenXMap, via GCLIPS et les plateformes de l’IHU Méditerranée Infection.
Au-delà d’une mesure isolée
Là où l’hétérogénéité cellulaire et l’organisation tissulaire comptent, RNA-seq bulk, single-cell et transcriptomique spatiale sont conduits comme un seul programme sur un seul jeu d’échantillons : le bulk montre ce qui a changé, le single-cell quelles cellules ont changé, le spatial où dans le tissu. Les trois sont lus ensemble plutôt que réconciliés après coup.
Voir la transcriptomique 360°Les couches sont combinées lorsque des mesures indépendantes doivent soutenir la même interprétation : une altération génétique reflétée dans une réponse transcriptionnelle, portée jusqu’à la protéine, et visible dans une voie ou un phénotype. Génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique, microbiome et données de vésicules extracellulaires peuvent être intégrés dans une seule analyse, avec correction de batch entre expériences et plateformes.
Périmètre des plateaux, protocoles, exigences d’échantillon, délais, configurations et commande vivent sur OMICS4, la plateforme de production et de réservation de GenXMap. OMICS4 réalise la mesure ; GenXMap conçoit la stratégie scientifique et interprète la biologie.
Parcourir le catalogue OMICS4Une course de séquençage, un profil protéique ou un dosage moléculaire sont des mesures. La valeur est dans ce qu’elles signifient pour la question.
Une entité, deux sites
Oui. Des jeux de données génomiques, transcriptomiques, protéomiques, de microbiome ou autres, déjà existants, peuvent être analysés seuls ou intégrés à de nouvelles données.
Oui. Via des CRO partenaires, un composé ou une intervention peut être testé sur des modèles tissulaires 3D, de peau, de poumon ou de tissu adipeux, avec la lecture moléculaire prévue dès le départ.
Elle passe par un partenaire qualifié, sous le design d’étude, la coordination et la documentation de GenXMap.
Un seul responsable de projet GenXMap, de l’échantillon au rapport final.