Computational AI & Bioinformatique

Des données de séquençage brutes à un signal biologique validé

Notre équipe computational biology mène la moitié « dry lab » de chaque projet : pipelines, statistiques et modèles d'IA construits pour faire ressortir le signal qui compte dans vos données, toujours interprétés par des scientifiques, jamais livrés comme une boîte noire.

Ce que couvre l'équipe computationnelle

Pipelines bioinformatiques

Alignement, quantification et CQ, versionnés de bout en bout.

  • Traitement RNA-seq, WGS/WES & ATAC-seq (basé sur Nextflow)
  • Appel de variants, quantification & reporting CQ
  • Exécutions reproductibles et conteneurisées, des lectures brutes aux résultats

Intégration multi-omics

Combiner génomique, transcriptomique et autres couches en un seul modèle cohérent.

  • Modélisation conjointe entre génomique, transcriptomique & métagénomique
  • Correction de batch et harmonisation inter-plateformes
  • Analyse de corrélation multi-couches & de réseaux

Découverte de biomarqueurs par IA

Modèles d'inférence pour prioriser les biomarqueurs candidats dans des jeux de données complexes.

  • Sélection de variables sur données omics à haute dimension
  • Classifieurs validés par cross-validation pour signaux diagnostiques/pronostiques
  • Tests de robustesse sur cohortes indépendantes

Modèles de machine learning

Modèles prédictifs construits et validés sur votre question biologique, pas sur des modèles génériques.

  • Modèles sur mesure entraînés sur votre jeu de données, pas des modèles préétablis
  • Deep learning pour données single-cell & spatiales
  • Vérifications d'interprétabilité reliées à la validation biologique

Intégration de données cliniques & moléculaires

Relier les résultats omics aux métadonnées cliniques ou phénotypiques pour une pertinence translationnelle.

  • Fusion des résultats omics avec les métadonnées cliniques & phénotypiques
  • Stratification de cohortes et corrélation aux résultats cliniques
  • Traitement rigoureux des données cliniques sensibles

Reporting interactif & visualisation

Figures et tableaux de bord conçus pour être explorés par votre équipe, pas seulement lus une fois.

  • Tableaux de bord dynamiques, pas uniquement des PDF statiques
  • Figures prêtes pour publication sur demande
  • Des données que votre équipe peut explorer et interroger à nouveau, de façon itérative

Traitement des données, analyse et interprétation biologique

Chaque jeu de données traverse la même chaîne rigoureuse : traitement, analyse statistique, interprétation biologique et modélisation assistée par IA, avant d'aboutir à un rapport.

01
Données brutes

Lectures de séquençage, puces ou fichiers cliniques, tels que livrés.

02
Traitement

Alignement, quantification et CQ sur des pipelines versionnés.

03
Analyse

Tests statistiques, analyse différentielle, découverte de motifs.

04
Insights

Enrichissement de voies, priorisation de biomarqueurs, modélisation ML.

05
Rapport

Tableau de bord interactif et interprétation scientifique écrite.

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Un jeu de données à interpréter ?

Parlons de vos données et de votre question biologique.

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