Secteurs · Maladies Infectieuses & Microbiome
Maladies Infectieuses & Microbiome
Caractérisation multi-omique des pathogènes, de la réponse de l’hôte et des écosystèmes microbiens.
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Caractérisation multi-omique des pathogènes, de la réponse de l’hôte et des écosystèmes microbiens.
L’infection n’est pas un événement moléculaire unique. Le pathogène évolue, l’hôte répond, et la communauté microbienne environnante se modifie avec la progression de la maladie ou le traitement. Mesurer un seul de ces versants en dit moins que mesurer les trois sur les mêmes échantillons.
Vous voulez savoir comment un traitement, un régime alimentaire ou une infection remodèle une communauté microbienne ? Du prélèvement à l’interprétation, Microbiome Xplorer montre quelles communautés changent, quelles fonctions elles portent et comment l’hôte répond. Intestin, peau, voies respiratoires et autres matrices biologiques.
Séquençage du génome entier et séquençage ciblé pour caractériser souches et lignées, profiler les variants, établir les relations phylogénétiques et repérer les variants associés à la résistance. D’un point de prélèvement à l’autre, le même cadre suit l’évolution d’une population de pathogènes sous la pression du traitement.
16S pour la composition des communautés, la diversité et l’abondance différentielle. Métagénomique shotgun quand la question exige le potentiel fonctionnel, la résolution à la souche ou les populations peu abondantes. La profondeur de séquençage est fixée par la question et la complexité de l’échantillon, pas par une valeur par défaut.
Déterminants de résistance identifiés à partir des données shotgun et, lorsqu’un marqueur précis compte, suivis par des tests ciblés sur l’ensemble de la cohorte.
RNA-seq bulk pour les changements transcriptionnels associés à l’infection, à la sévérité, à la progression ou à la réponse au traitement, avec une expression différentielle rapportée au niveau des gènes et des voies.
Métatranscriptomique lorsque les deux réponses doivent être lues sur le même matériel : l’activité du pathogène et la réaction de l’hôte sont mesurées sur un seul échantillon plutôt que déduites de deux.
Quantification protéique par spectrométrie de masse, y compris en workflows TIMS-TOF, confrontée au résultat transcriptomique. Les niveaux de transcrits et de protéines divergent assez souvent pour que leur concordance soit en soi une information.
Mesures moléculaires rapportées à la sévérité, au traitement, au point de prélèvement, à l’issue clinique et aux caractéristiques des patients. C’est ce qui distingue un signal associé à l’infection d’un signal associé à l’état du patient avant même la mesure.
Signatures moléculaires associées à la sévérité, à la progression, à la réponse ou à l’échec du traitement. Lorsque des cohortes indépendantes existent, les candidats sont testés sur des données qui n’ont pas servi à les identifier.
Versions des outils, paramètres, critères de filtrage et seuils statistiques pour chaque étape. Contrôle qualité par échantillon et par cohorte, avec des exclusions énoncées et justifiées. Une interprétation rédigée au regard de la question de départ de l’étude. Matrices traitées, tables de résultats, pipelines versionnés et figures, livrés pour relecture ou reproduction par un tiers.
Le travail de laboratoire derrière ces analyses est réalisé sur OMICS4, le site plateformes de GenXMap, avec des exigences d’échantillons, une logistique et des délais définis pour chaque étude.
L’analyse n’a pas à commencer là. Des données de transcriptomique, de protéomique, de métabolomique, de microbiome ou de vésicules extracellulaires issues d’une étude antérieure, d’un programme interne ou d’un autre prestataire peuvent être analysées pour elles-mêmes. Ce qui détermine l’analyse, c’est la question biologique, le design de l’étude et les métadonnées disponibles.
Lorsque plusieurs couches sont disponibles, nous les intégrons pour trouver les signaux convergents, séparer les effets robustes de la variabilité technique ou inter-donneurs, et construire la preuve autour de l’allégation.
Réserver les plateaux maladies infectieuses sur OMICS4Les études de cas pour ce secteur sont en préparation : contactez-nous pour discuter d'un projet directement.
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