Secteurs · Maladies Infectieuses & Microbiome
Maladies Infectieuses & Microbiome
Caractérisation multi-omique des pathogènes, de la réponse de l’hôte et des écosystèmes microbiens.
Secteurs · Maladies Infectieuses & Microbiome
Caractérisation multi-omique des pathogènes, de la réponse de l’hôte et des écosystèmes microbiens.
L’infection n’est pas un événement moléculaire unique. Le pathogène évolue, l’hôte répond, et l’écosystème microbien environnant se modifie en même temps.
GenXMap intègre génomique du pathogène, transcriptomique de l’hôte, microbiome et métagénomique, protéomique et métadonnées cliniques, pour caractériser l’infection des deux côtés de l’interaction.
Une approche multicouche pour caractériser l’infection des deux côtés de l’interaction.
Comprendre le pathogène demande davantage que d’identifier sa présence.
Le séquençage du génome entier et le séquençage ciblé, réalisés sur OMICS4, caractérisent les populations de pathogènes et leur évolution.
L’analyse peut porter sur :
Cela donne une vue génomique de la façon dont le pathogène change en parallèle de la progression de la maladie ou du traitement.
Dans de nombreuses maladies infectieuses, l’écosystème microbien environnant fait partie de la réponse biologique.
GenXMap combine profilage ciblé du microbiome et métagénomique shotgun selon la résolution requise.
Pour une caractérisation au niveau de la communauté :
Pour une caractérisation plus profonde :
La profondeur de séquençage est adaptée à la question biologique, à la complexité de l’échantillon et au niveau de résolution recherché.
La réponse de l’hôte constitue l’autre versant de l’infection.
Le séquençage ARN bulk permet de caractériser les changements transcriptionnels associés à :
GenXMap identifie les gènes différentiellement exprimés et les voies biologiques, puis les intègre aux autres couches moléculaires.
La question n’est pas seulement ce qui a changé, mais comment les différentes couches moléculaires se répondent.
GenXMap peut intégrer :
Génotype du pathogène → charge microbienne → réponse transcriptionnelle de l’hôte → réponse immunitaire → issue clinique
Les signaux moléculaires sont ainsi évalués dans leur contexte biologique, et non comme des mesures isolées.
Pour les études longitudinales, le même cadre s’applique à chaque point de mesure afin d’identifier les changements moléculaires au cours du temps.
Les changements transcriptomiques ne se traduisent pas toujours directement au niveau protéique.
Le profilage protéomique ajoute une couche complémentaire de preuve biologique, qui permet d’évaluer si un signal se confirme à l’échelle des protéines.
Les données protéomiques produites par spectrométrie de masse, TIMS-TOF MS comprise, peuvent être intégrées aux autres couches.
Les données moléculaires deviennent plus informatives lorsqu’elles sont reliées au contexte clinique.
GenXMap intègre les mesures multi-omiques aux métadonnées cliniques et épidémiologiques pertinentes :
Cela permet de distinguer les changements moléculaires associés à l’infection des signaux liés à d’autres facteurs.
GenXMap identifie des signatures moléculaires associées à des phénotypes cliniquement pertinents :
Lorsque des cohortes indépendantes existent, les signatures candidates peuvent être testées sur des jeux de données qui n’ont pas servi à leur découverte.
L’objectif est de déterminer si un signal moléculaire est statistiquement soutenu, biologiquement cohérent et reproductible.
Un relevé complet de l’étude : design expérimental, méthodes, contrôle qualité, paramètres d’analyse et résultats.
Résultats sur les couches biologiques pertinentes : génomique du pathogène, transcriptomique de l’hôte, microbiome et protéomique.
Analyse croisée reliant les changements moléculaires aux processus biologiques et aux caractéristiques de la maladie.
Chaque étape analytique, critère de filtrage et décision statistique est documenté pour que les résultats soient reproductibles.
GenXMap peut travailler à partir de données produites dans notre propre laboratoire ou de jeux de données existants produits ailleurs.
La stratégie analytique est déterminée par la question biologique, le design de l’étude et les métadonnées disponibles.
Des jeux de données, plateformes et expériences différents peuvent être intégrés pour identifier des signaux biologiques convergents.
Une infection. Plusieurs couches moléculaires.
Pathogène → hôte → microbiome → réponse immunitaire → issue clinique
Réserver les plateaux sur OMICS4Les études de cas pour ce secteur sont en préparation : contactez-nous pour discuter d'un projet directement.
Un projet dans ce domaine ?