Programme 01 · Recherche interne

Lire le transcriptome d'une cellule vivante, sans la détruire.

Toutes les méthodes de RNA-seq en cellule unique utilisées en routine aujourd'hui commencent de la même façon : la cellule est lysée. C'est un instantané destructif, à usage unique. GenXMap développe une méthode d'omique de la cellule unique vivante pour lire l'état transcriptomique d'une cellule intacte et vivante, ouvrant la voie à une véritable cinétique à résolution unicellulaire.

Le problème scientifique

La transcriptomique en cellule unique a transformé la biologie, mais chaque protocole établi détruit la cellule pour la lire. Cela signifie qu'on obtient un seul point temporel par cellule, à jamais : pas de nouveau prélèvement, pas de cinétique, aucun moyen d'observer une même cellule changer d'état puis de confirmer ce qu'elle est devenue. Pour les questions biologiques qui se déploient dans le temps (une cellule répondant à un médicament, un clone rare dérivant vers la résistance, une cellule immunitaire se différenciant) cette limite du prélèvement unique est le plafond.

Approche actuelle

Cellule isolée → lysée → ARN capturé → séquencé. Destructive par conception. Chaque point temporel nécessite une nouvelle cellule distincte, et l'inférence au niveau de la population se substitue à une véritable cinétique en cellule unique.

Ce que GenXMap développe

Une méthode pour extraire le signal transcriptomique d'une cellule unique vivante sans lyse : préservant sa viabilité afin que la même cellule puisse être mesurée à nouveau, suivie, ou récupérée pour un usage en aval.

Pourquoi le caractère non destructif change tout

Supprimer l'étape de lyse ne préserve pas seulement un échantillon. Cela change les questions auxquelles on peut répondre. Les données longitudinales en cellule unique, les mesures appariées avant/après sur la même cellule, et les tests fonctionnels en aval sur des cellules déjà « lues » deviennent pour la première fois possibles à résolution unicellulaire.

Conséquences directes pour l'oncologie

  • Suivre l'hétérogénéité tumorale au sein de la même population cellulaire dans le temps, plutôt que d'inférer un changement entre biopsies séparées.
  • Observer la cinétique de réponse aux traitements sans prélèvements invasifs répétés.
  • Suivre les clones rares ou résistants (ex. sous-populations résistantes émergentes) au fil de leur évolution, et pas seulement à un point final unique.
  • Récupérer la cellule mesurée pour des tests fonctionnels ou clonaux en aval, la lecture ne consomme plus l'échantillon.

Approche du programme

Un programme de recherche interne pluriannuel, qui va de premiers travaux de faisabilité à la validation puis, à terme, à l'intégration dans la plateforme GenXMap. Nous ne communiquons pas publiquement le détail de l'avancement du programme tant que les discussions de propriété intellectuelle et de partenariat sont en cours, contactez-nous pour un point plus approfondi sous accord de confidentialité.

Soutenu par l'écosystème d'innovation français & régional

Ce programme est soutenu par des financements publics à l'innovation et par l'écosystème biotech marseillais, reflet de la valeur scientifique et stratégique accordée à l'omique non destructive en cellule unique en tant que future infrastructure de recherche.

Financement & soutien

Eurobiomed France Biotech Région Sud Provence-Alpes-Côte d’Azur France 2030 Bpifrance Caisse d’Épargne CEPAC CIC

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