Étude de cas · Bioinformatique · Dermo-cosmétique
Analyse RNA-seq de 24 explants de peau humaine ex vivo comparant une condition non traitée à un actif dermo-cosmétique, des lectures brutes à l'interprétation biologique fonctionnelle.
Avant toute comparaison biologique, chaque explant est passé au crible sur la profondeur de séquençage, le taux d'alignement, la duplication et la qualité des bases : réparti par condition pour écarter toute explication technique d'un signal en aval.
Un pipeline reproductible de l'alignement à l'interprétation fonctionnelle, chaque outil et paramètre versionné et documenté pour audit et réutilisation.
La PCA sur les comptages normalisés VST de DESeq2 confirme que la condition de traitement, et non un effet de lot ou une variation technique, est la source dominante de variance, avec une séparation nette entre les groupes avant même qu'un test statistique ne soit appliqué.
La comparaison traité vs. non traité à |log2FC| > 1,5, padj < 0,05 (Benjamini-Hochberg) fait apparaître une signature cohérente de cicatrisation : gènes de matrice extracellulaire et de ré-épithélialisation induits, gènes inflammatoires et de dégradation matricielle réduits.
Le clustering non supervisé sur le panel de gènes de cicatrisation sépare nettement les deux conditions, avec les gènes de collagène, de facteurs de croissance et de ré-épithélialisation surexprimés dans le groupe traité, et les gènes inflammatoires/de dégradation matricielle surexprimés dans le groupe non traité.
Les gènes induits par l'actif se rattachent à l'organisation de la matrice extracellulaire, à la cicatrisation et à la migration kératinocytaire/épithéliale : l'analyse des voies KEGG convergeant vers les axes interaction ECM-récepteur, adhésion focale et signalisation TGF-bêta / PI3K-Akt.
L'alignement (STAR 2-pass, GRCh38.p14 / GENCODE v43), la normalisation et l'expression différentielle (DESeq2, shrinkage apeglm), et l'enrichissement fonctionnel (clusterProfiler 4.8.1, GO + KEGG ORA avec correction Benjamini-Hochberg) sont documentés avec les versions et seuils exacts, afin que les résultats puissent être audités ou reproduits par votre propre équipe.
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