Ce qu’on nous demande le plus souvent avant de mener bulk, single-cell et spatial ensemble.
Bulk, single-cell ou spatial : de quoi ai-je besoin ?
Cela dépend de la question, pas de la nouveauté de la méthode. Le RNA-seq bulk donne la moyenne de population, avec la profondeur et la puissance statistique que procure le séquençage de nombreux échantillons : c’est la bonne réponse plus souvent qu’on ne le croit. Le single-cell résout cette moyenne en les populations cellulaires qui la composent. Le spatial replace l’expression dans le tissu, son architecture intacte. Si votre question porte sur deux d’entre eux, les mener sur des plans séparés vous coûte généralement la comparaison.
Les trois peuvent-ils tourner sur les mêmes échantillons ?
C’est tout l’objet du programme 360°. Un seul plan expérimental est arrêté en amont pour que bulk, single-cell et spatial soient chacun correctement dimensionnés, le matériel est prélevé une fois puis réparti entre les trois voies, et la traçabilité est documentée de bout en bout. Acheter les trois séparément, c’est normalement trois plans et trois jeux d’échantillons qui ne se comparent plus.
Existe-t-il en France une offre couvrant les trois modalités en un seul programme ?
C’est précisément ce que GenXMap s’est attaché à rendre disponible. Le RNA-seq bulk tourne sur nos propres plateaux à Marseille, le single-cell avec Parean Biotechnologies à Saint-Malo, la transcriptomique spatiale avec Explicyte à Bordeaux, sous un seul contrat, avec un chef de projet de niveau doctorat qui répond de toute la chaîne et de l’interprétation finale. Le spectre transcriptomique complet, conçu et lu comme un tout : c’est l’offre, et non trois prestations vendues côte à côte.
Qui répond si les modalités se contredisent ?
Un seul chef de projet, chez GenXMap, pour tout le programme. Le désaccord entre modalités est souvent la partie la plus informative du résultat, et le lire exige de savoir comment chaque échantillon a été produit. C’est pourquoi l’interprétation n’est pas divisée en trois.
Pouvez-vous travailler sur des données transcriptomiques que nous avons déjà ?
Oui. Un jeu de données existant, issu d’une étude antérieure ou d’un autre prestataire, est analysé pour lui-même. Ce qui décide du travail, c’est la question biologique et les métadonnées qui accompagnent les données, pas qui a fait tourner le séquenceur.
Où le travail est-il réalisé, et le matériel quitte-t-il l’UE ?
Le séquençage bulk tourne dans nos laboratoires marseillais, hébergés au bâtiment Méditerranée Infection. Le single-cell est réalisé à Saint-Malo et le spatial à Bordeaux. Échantillons et données restent dans l’Union européenne, avec une traçabilité documentée de la réception à la livraison.
